Сыраны өндіру стерильді емес жағдайларда жүзеге асырылады, технологиялық процестің жекелеген сатыларында өнімнің әр түрлі микроорганизмдермен контаминациялануы мүмкін. Сырада кокки, сарцин, оң нәтижелі грам бациллалар өте көп болуы мүмкін.
Стандарттар мен техникалық шарттар сақталмаған жағдайда оның сапасын төмендететін сыра дефектілері пайда болады.
Құрамында қанттың деңгейі жоғары сусында Leiconostoc тектес бактериялар шырышы, атап айтқанда, l.Mesenteroides пайда болуы мүмкін.
Бұл хош иісті бактериялар, ол екі немесе қысқа тізбектерде орналасқан, ұзартылған пішінді грамм оң коккалар болып табылады ашытқылардың қатысуымен жақсы дамиды. Сыра контаминациясы қосылатын көмірсулар (глюкоза, сахароза және т.б.) арқылы жүреді.
Сырадағы ашты майдың иісі және дәмі Pediococcus(P.cerevisial, P. viscous) текті бактериялар болып табылады. Ол диацетилдің пайда болуы есебінен орын алады. Бұл сыра құбыр арқылы өту кезінде оны контаминирлейтін грам оң кокки бактериялары.
Өз кезегінде сырадағы жібектей тұнба диацетил, сірке және сүт қышқылдарының Lactobacillus текті бактерияларымен пайда болуы салдарынан пайда болады. Бұл жағдайда сыранының бұл бактерияларды жұқтыру көздері - сыра ашытқылары, технологиялық жабдықтар мен құбырлар. Жабайы ашытқылар деп аталатын бұл ашытқылар сыраның дәмі мен иісіне қатты әсер етеді, сонымен бірге тұнба мен қабыршық түзеді.
Олар этилацетат, амилацетат, изобутанол және амил спиртін құрайды. Спирттер мен қышқылдарды пайдалана отырып оттегінің қатысуымен, "жабайы" ашытқы ортаның реакциясын сілтілікке өзгертеді. Кейбір сахаромицеттер ацетальдегид, изобутанол, изоаминол және этилкаприлат жасай отырып, оған "бос" дәм береді.
Егер сырада қышқыл дәм мен жағымсыз иіс байқалса, Enterobacteriacae тұқымдас бактериялардың себеп болды деген сөз. Олар мия, су, арпа, шикізатқа жұқтырады.
Микробиологиялық көрсеткіштер бойынша ең қауіпті бактериялар Zymomonas (Z.Anaerobia) текті бактериялар болып саналады. Жоғарғы ашыту процесінде шіріген алманың дәмі беріледі.
Сыз тартқан үй-жайлардың төбелері мен қабырғаларында, құбырларда және шикізатта (арпа, жарма) көбейетін зең саңырауқұлақтары сыраның бүлінуіне әкеп соқтырады.
Осылайша, сыра қайнату өндірісіндегі бөгде микроорганизмдер ауадан, судан, шикізаттан, өндірістік жолдардан, құрал-жабдықтардан, аппаратура мен коммуникациялардан, сүзгілеуші және қосалқы материалдардан, өндірістік үй-жайлардан, аяқ киімдерден, қызмет көрсететін персоналдың киімі мен қолдарынан түсуі мүмкін.
