Жануарлардың етімен салыстырғанда, балықтардың еті болбырақ келеді, өйткені онда дәнекер тіндер аз болады, ал бұл дегеніміз микроорганизмдердің таралуына жақсы жағдай жасайды. Балық түрінің тұқымына, су айдынының сипатына, маусымына, ауланған ауданына және аулау техникасына байланысты жаңа ғана ауланған балықтың беткі микрофлорасының саны мен құрамы айтарлықтай ауытқуы мүмкін. Әдетті 1см2 үстіңгі бетінде 102 -104 бактерия болады, ал кейде одан да көп. Негізінен бұл су микроорганизмдері, олардың ішінде аэробты, спорасыз, грам теріс таяқшалы бактериялар, соның ішінде шірік тәрізді бактериялар басым.
Ластанған су қоймаларынан ауланған балықтың бетінде ішек таяқшасы, ойық болуы мүмкін, ал жекелеген жағдайларда-сальмонеллалар мен энтерококтар болуы мүмкін. Желбезек пен ішекте микроағзалардың тұқымдары ең көп таралған. Жаңа ауланған балықтың ішектерінің 1 грамында шіріген бактериялардың 105-108 жасушалары бар, олардың арасында көптеген спора құратын анаэробтарды (C.Sporogenes, C. putrificum) анықталады. Олармен қатар тағамдық уланудың қоздырғыш-микроорганизмдері: C.Perfringens, BacillusCeres, Staphylococcusaureus және тіпті ботулизм таяқшаларын (әсіресе бекіре балықтарының ішегінде) анықтайды. Кейбір аудандарда ауланған теңіз балығында галофильді вибрион (Vibrioparahaemolyticus)-токсикоинфекция түрі бойынша тамақтан уланудың қоздырғышы кездеседі.
Ауланатын балықтың едәуір мөлшері сақтар алдында өңдеуден, жуудан, тазартудан өтеді, ішек-қарны аршылып, етін бөлек өңделеді. Балықты жуу оның бетіндегі микробтардың санын төмендетеді, себебі бактерияларға бай шырышты қабаты шайылады. Балықтың ішек-қарнын тазалау кезінде ішектер ашылады, олар еттің шіріген бактериялармен ұрықтануына алып келеді, сондықтан балықты тазартқаннан кейін мұқият жанастырады. Балықты бөлшектеген кезде сырттан жұқтырудан (қызметкерлердің қолынан, мүкәммалдан, ауадан) балықтың тұқымдылығы артады. Балықты салқындату үшін мұз жиі пайдаланылады, ол микроорганизмдердің құрамы бойынша ауыз суға қойылатын санитарлық талаптарға сәйкес болуы тиіс.
Жаңа салқындатылған балық - бұл сақтау мерзімі қысқа өнім (бірнеше күн), тіпті 0оС температурада. Сонымен бірге ұсақ балықтар ірі балықтардан қарағанда тез бүлінеді. Сақтау температурасы жоғары болған сайын және балықта бактериялар көп болған сайын бүліну тез болады.
Микроорганизмдердің дамуы шіру процестермен қатар жүреді. Салқындатылған балықтың негізгі қоздырғыштары Pseudomonas тектес бактерия болып табылады. Псевдомонадтар басқа бактериялардың тез көбеюімен қатар ақуыз заттар мен майларға қарағанда жоғары биохимиялық белсенділікке ие.
Салқындатылған балықтың бүлінуіне, бірақ айтарлықтай аз дәрежеде қатысатындар, alcaligenes, Flavobacterium, Micrococcus сияқты бактериялар да қатысады
Ұзақ уақыт сақтау үшін балықты мұздатады немесе консервілеудің басқа тәсілдерін қолданады: тұздау, ыстау, маринадтау, қақтау.
