В сравнении с теплокровными животными, мясо рыб более рыхлое, так как в нём меньше соединительной ткани, а это способствует распространению микроорганизмов. Количество и состав поверхностной микрофлоры только что выловленной рыбы могут значительно колебаться в зависимости от породы вида рыбы, характера водоёма, сезона, района и техники лова. На 1см2 поверхности обычно обнаруживается 102 -104 бактерий, а иногда и больше. В основном это водные микроорганизмы, среди которых преобладают аэробные, бесспоровые, грамотрицательные палочковидные бактерии, в том числе и гнилостные.
На поверхности рыбы, выловленной из загрязнённых водоёмов, могут находиться кишечная палочка, протей, а в отдельных случаях-сальмонеллы и энтерококки. Наиболее обсеменены микроорганизмами жабры и кишечник. В 1 г содержимого кишечника свежеуснувшей рыбы насчитывается 105-108 клеток гнилостых бактерий, среди которых выявляют множество спорообразующих анаэробов (C. Sporogenes, C. putrificum). Наряду с ними обнаруживают микроорганизмы-возбудителей пищевых отравлений: C. Perfringens, BacillusCeres, Staphylococcusaureus и даже палочки ботулизма (особенно в кишечнике осетровых рыб). На морской рыбе, выловленной в некоторых районах промысла, встречается галофильный вибрион (Vibrioparahaemolyticus)-возбудитель пищевых отравлений по типу токсикоинфекций.
Значительное количество добываемой рыбы перед хранением подвергают обработке, мойке, потрошению, разделки на филе. Мойка снижает численность микробов на поверхности рыбы, так как при этом удаляют богатую бактериями слизь. При потрошениюрыбы неизбежно вскрытие кишечника, что ведёт к обсеменению гнилостными бактериями, поэтому после потрошению рыбу тщательно примыкают. Увеличивается обсемененность рыбы и при её разделки из-за инфицирования извне (с рук работников, с инвентаря, из воздуха). Для охлаждения рыбы нередко используют лёд, который по содержанию микроорганизмов должен соответствовать санитарным требованиям, предъявляемым к питьевой воде.
Свежая охлажденная рыба это продукт кратковременного хранения (несколько дней) даже при температуре около 0 0С. При этом мелкая рыба портится быстрее крупной. Порча наступает тем быстрее, чем выше температура хранения и чем больше на рыбе содержалось бактерий.
Развитие микроорганизмов сопровождается гнилостными процессами. Главными возбудителями порчи охлажденной рыбы служать бактерий рода Pseudomonas. Псевдомонады не только быстрее других бактерий размножаются, но и обладают более высокой биохимической активностью по отношению к белковым веществам и жиру.
В порче охлажденной рыбы также принимают участие, хотя и в значительно меньшей степени, бактерии родов Alcaligenes, Flavobacterium, Micrococcus.
Для более длительного хранения рыбу замораживают или подвергают другим способам консервирования: посолу, копчению, маринованию, вялению.
